En una época de guerras contantes, un bebé, al nacer, fue fusionado con una “sombra” y llamado Blue Dragon, una leyenda entre las sombras. Debido a eso, fue encerrado en la oscuridad desde su nacimiento hasta hace poco, 15 años después, para evitar que la sombra con la que está fusionado se activase.
Desde el principio, la única perdona que lo sabía todo era su tutor, que iba a verlo todos los días. Pero las sombras no paran de aumentar y de reducir la población humana. Ahora, todos quieren la liberación de Blue Dragon con el fin de ayudar a la humanidad. Es así como comienza su viaje para sellar las “sombras”, junto con la más fuerte: su reina.