Una llamarada solar ha despertado a Spark Dolls de las profundidades de la tierra y del océano, materializándolas en monstruos devastadores que aterrorizan la Tierra. Debido a esto, se formó un nuevo equipo de ataque, Xio (Xeno Invasion Outcutters) para combatir las amenazas. Quince años después, Daichi Ozora, miembro de Xio, se une y se transforma en Ultraman X para luchar contra las amenazas de alienígenas y monstruos.