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La historia comienza 14 años después del Tercer Impacto. Eva Unidad-02 y Unidad-08, piloteadas por Azuka Langley y Mari Illustrious, despegan para realizar una misión de recuperación de un gigantesco contenedor en órbita sobre la Tierra donde se encuentra la Unidad-01 y en su interior Shinji Ikari, los cuales habían sido sellados desde casi el Tercer Impacto. Sin embargo antes de poder recuperarlos son atacados por Nemesis Series ángeles artificiales creados por SEELE.
Las Evas vuelven a una enorme nave situada en aguas polares, la AAA Wunder, donde Ikari es rescatado de la Unidad-01, Una ves su identidad y memorias han sido comprobadas, es informado de los acontecimientos de los últimos años: el personal de NERV con excepción de Gendo Ikari y Kozo Fuyutsuki abandonaron la agencia bajo el mando de Misato Katsuragi y fundo WILLE, otra entidad dedicada a prevenir futuros eventos como el Tercer Impacto que Shinji Ikari casi provoco en su intento de salvar a Rei Ayanami.